元朝和清朝都是兴起于中原之外、之后统一中原和北方游牧区域的大一统王朝。清朝(后金)在兴起和入主中原的过程中，漠南蒙古是重要助手。早在入关之前，努尔哈赤和皇太极即对元朝历史有一定的了解。那么，清朝诸帝是如何看待元朝的呢?又如何将元朝历史用以清代国家治理?
再次实现大一统 元朝上承宋朝，下启明朝，是继唐朝之后又一个中国古代大一统王朝。元明鼎替之后，明朝未能统一蒙古高原，北元政权在一段时间内同明朝并立，后来，北元政权逐步演变成为明人眼中的鞑靼部。鞑靼部之西为明人眼中的蒙古瓦剌部，瓦剌部是同鞑靼部并立的政治力量。明天启至崇祯年间，后金联合漠南蒙古部分封建主击败了黄金家族嫡系后裔林丹汗。崇祯八年，林丹汗子额哲投降后金，后金得到大元传国玉玺，漠南蒙古诸部基本为后金所统治。崇祯九年四月，皇太极以获得传国玉玺为契机，接受皇帝尊号，改国号为“大清”，改天聪十年为崇德元年。
入关之后，清廷采取多种方式先后统一了中原和藩部地区，实现了大一统。康熙三十年，清朝组织漠南、漠北蒙古在多伦诺尔会盟，确立了对漠北蒙古的统治。康熙三十七年，康熙帝封青海蒙古诸部首领为亲王、贝勒和贝子，标志着清朝开始统治青海蒙古。乾隆二十年至二十四年，清朝统一新疆，原明瓦剌大部分地区和南疆地区为清朝所统治，清朝基本实现了大一统。
作为大一统王朝，清朝在进行统一和处理朝贡时亦参照元朝历史。入关之初，便统一了清朝的北方直省地带，因此同西域有了直接的联系。西域诸部在得知清朝的声威之后，亦遣使赴北京朝贡贸易。顺治三年正月，顺治帝召见前往北京朝觐的吐鲁番、哈密卫各贡使，彼时，清廷在下谕给吐鲁番贡使时提到，“尔吐鲁番，原系元朝成吉思汗次子察哈台受封此地，故明立国，隔绝二百八十余载，今幸而复合，岂非天乎”。在清朝看来，吐鲁番在元朝时即为成吉思汗后裔受封之地，在清初恢复同清朝的朝贡关系，可谓名正言顺。康熙六十年，诸王、群臣在请给康熙帝上尊号时提到：“三逆背恩，辄党连而蠢动，六师讨罪，遂次第以削平，收元季之流逋……”在彼时众人眼中，清朝在一定程度上继承了元朝的疆域。雍正七年，雍正帝在论及“封建制”和“郡县制”时提到：“塞外之一统始于元……自古中外一家、幅员极广，未有如我朝者也。”雍正帝强调元朝时实现了中原和“塞外”的一统，而清朝在疆域的统一上更是超越元朝。
积极维护元朝的正统地位和形象 入关之后，清朝对元朝正统的维护，首先体现在历代帝王庙祭祀体系之中。无论是明朝还是清朝，在帝王庙内祭祀元世祖，都有基于正统性的考虑。明朝祭祀元世祖是出于对元朝正统性的继承，即“洪武之去辽金而祀元世祖，犹有一统帝系之公”;而清朝在帝王庙内恢复元世祖祭祀，亦有正统性的考量。历代帝王庙创立于明初，改建于明中叶。嘉靖朝时，明蒙关系紧张，故明朝君臣迁怒于元朝，将元世祖忽必烈牌位从帝王庙中撤出，“世宗朝大虏频犯内地，上愤怒……帝王庙削元世祖之祀”，此后直到明朝灭亡，帝王庙内无元朝一席之地。 顺治元年清朝入关后，有以中华正统自居的决心和姿态，承袭了明朝的帝王庙祭祀体系，在帝王庙的祭祀上体现了对正统性的关注。顺治二年，清朝着手恢复元世祖在帝王庙中的地位。当年三月，礼部上奏提到：“当日宋之天下，辽金分统南北之天下也，今帝王庙祀，似不得独遗。”清朝在恢复对元世祖祭祀的同时，增加了辽金等非汉政权的皇帝，帝王庙中非汉属性日益增强。此后康熙至雍正朝时，帝王庙内又新增了诸多中国古代非汉民族所建立政权的君臣牌位，体现了清朝皇帝对中国古代汉人政权和非汉政权一视同仁的姿态。
关于唐宋以来的王朝正统，元明清三朝君臣有不同看法。元朝是分修辽金元三史以避免独尊两宋摈斥辽金，而明朝虽尊崇宋朝，但亦无法否认辽金的地位，且在正统上强调对元朝的继承。到了清朝，清朝皇帝不仅需要面对同由女真人所建立金朝的正统问题，亦需面对同由非汉民族建立的大一统元朝的正统问题。 元末明初人杨维桢所著《正统辨》一书认为元朝继承了宋朝的正统，而非辽金的正统。乾隆朝修四库全书时，乾隆帝发现四库全书馆馆臣在录入该书时，删除了原文。乾隆四十六年，乾隆帝针对此事发表了看法，他认为《正统辨》以元继南宋正统的观点是公正的，原因便是南宋虽然称臣于金朝，但其继承了北宋的正统，故辽金不能取代南宋的正统性，“至元世祖平宋，始有宋统当绝、我统当续之语”，认为虽然辽金统治北方，但正统依然属于两宋，故元朝灭亡南宋，是继承了正统。在乾隆帝看来，辽金不是正统，由宋至元为正统，既对元朝的正统性予以了确认，亦彰显了宋、元、明、清四朝正统的一脉相承。
此后，乾隆帝命四库全书馆馆臣增补了该文。 乾隆朝修四库全书时，清朝加强了对意识形态的控制，既对涉及后金和清朝历史的书籍进行删改，亦对辽金元三朝史书进行校核。乾隆帝命校核辽金元三朝书籍，一方面是为了维护满洲人先祖金朝女真人的形象;另一方面亦是为了给元朝正名，替清代蒙古人维护元朝的形象。乾隆三十一年，乾隆帝下谕提到明朝所修《元史》存在的问题，“以汉字译蒙古文，间有语音不合处……污蔑蒙古之语，亦不一而足，不可不为之湔雪”。乾隆帝命校正和修改《元史》，一方面源于是音译不准，另一方面则是认为文中多有贬低蒙古和元朝之处。乾隆三十六年，乾隆帝认为《通鉴辑览》中亦有涉及元朝和蒙古的不当用词，提到“见前史所载辽、金、元人地官名……于对音中曲寓褒贬，尤为鄙陋可笑”，批判该书在人名翻译上的“夹带私货”和不公正。
