人类历史上，世界各地曾多次发生过鼠疫大流行。公元前3世纪到19世纪中叶，有记载的就有三次世界鼠疫大流行。其中最恐怖的是十四世纪四五十年代，被称之为“黑死病”的鼠疫大瘟疫席卷了整个欧洲，夺走了约2500万欧洲人的性命，占当时欧洲总人口的1/3。
在传统史籍中，对流行病记载的名称有疫、疾疫、疠等，一般统称为疫，合称疾疫。《周礼》载：“疾医：掌养万民之疾病，四时皆有疠疾⋯⋯”《吕氏春秋》载：“季春行夏令，则民多疾疫。”东晋葛洪在《肘后备急方》对瘟疫的论述是：“伤寒、时行、瘟疫，三名同一种耳⋯⋯其年岁中有疠气，兼挟鬼毒相注，名为温病。”
最早记载疫情发生是在周代。鲁庄公二十年夏，“齐大灾”。按照《公羊传》的解释，此大灾即大疫。隋代大业八年，天下大旱，继而发生大疫，染疫者多死。宋朝庆历八年，河北发生大水灾。次年三月，又继发疫灾。金朝开兴元年，汴京大疫，50日间，“诸门出死者九十余万人，贫不能葬者不在其数”。元代至顺二年，衡州连年大旱，接着发生疫疠之灾，“死者十九”。
清代乾隆年间(1792-1793年)，我国从云南开始，许多省都出现了鼠疫，当时有一位20多岁的年轻诗人叫师道南，正好在云南省赵州，亲眼看到当时鼠疫流行的惨状，写下了一首《鼠死行》的诗：“东死鼠，西死鼠，人见死鼠如见虎……”，描述了中国古代鼠疫流行时的惨状。 直到1894年，日本学者北里柴三郎和法国学者耶尔森在香港鼠疫流行期间发现了鼠疫的病原体是一种细菌，这种细菌后来就被命名为耶尔森杆菌(Yersinia pestis)，也就是我们所说的鼠疫杆菌。鼠疫这种疾病未经治疗的病死率高达50%-70%，而它的传播途径也要到1898年以后才逐渐为科学家所发现。所以，古人对鼠疫这种烈性传染病，是毫无招架之力的。
鼠疫的病原体，是鼠疫杆菌。
在自然界，鼠疫杆菌多以啮齿类动物为宿主，主要通过它们身上的几种跳蚤(一般统称为鼠蚤)传播。它们也可通过鼠类间的体液传播，甚至传到狗、兔、绵羊等其他动物身上，再传染给人类。
鼠疫杆菌怕热、怕光、怕干但很耐寒，在低温冻土中能休眠好几年。因此亚洲中部的草原和高山地区，就成了历史上众多鼠疫的疫源地。
1949年以来的国内鼠疫，主要发生在疫源地主要在西北、内蒙古和青藏高原地区。其中许多患者，都是因为捕杀、捡尸草原上的啮齿类等野生动物才感染的。而其他省区，在1950年代后就基本没有发生过鼠疫了。
鼠疫杆菌主要通过跳蚤传播，啮齿类动物们也算是“受害者”，只是从人类角度来说，防它们最方便。从生物学的角度看，人类进化的历史也是人类和各类细菌病毒斗争的历史。古代生产力低下，面对疫情，人们往往手足无措。但到了近代，随着医药科学等近代科学的兴起，疫苗、抗生素等技术的兴起，人类在对抗传染病的斗争中渐渐占据主动。为此，人类付出了极其惨重的代价。 在中国医学历史发展的长河中，也有一场载入史册的抗击传染病的斗争。以这场抗疫斗争为起点，中国花了百余年的时间从零基础起步，逐渐建立起了完善的医学体系和传染病防治体系，并在日后的抗疫斗争中发挥出巨大作用。
